Poslaním univerzity je zabezpečiť čo najvyššiu  úroveň  vzdelávania a vedeckého poznania v rozvoji, podpore a ochrane zdravia, v prevencii, diagnostike, v liečbe chorôb a ošetrovaní chorých s cieľom chrániť a rozvíjať zdravie ako jednu z najcennejších ľudských hodnôt.

Toto poslanie chce univerzita napĺňať rozvojom vysokoškolského štúdia v študijných programoch všetkých troch stupňov, špecializačného štúdia a kontinuálneho (CME) vzdelávania vo všetkých medicínskych, farmaceutických, dentistických a paramedicínskych (zdravotníckych) odboroch a vykonávať výskumnú činnosť v oblasti lekárskych a farmaceutických vied.
Neoddeliteľnou súčasťou poslania univerzity je uvádzanie najnovších poznatkov zdravotných vied do života.

Univerzita ako zdravotnícka vysoká škola poskytuje vzdelávanie študentom, ktorí sa pripravujú pre jednotlivé kategórie zdravotníckych pracovníkov v akreditovaných študijných programoch bakalárskeho, magisterského,  doktorského, doktorandského, špecializačného a certifikačného štúdia, s využitím tvorivého výskumného bádania  v zdravotníckych oblastiach v záujme zlepšenia zdravia a kvality života.

Univerzita pre svoju činnosť využíva špecializované výučbové zariadenia, univerzitné kliniky, univerzitné lekárne, účelové zariadenia, školiace pracoviská a ďalšie univerzitou akreditované zariadenia ambulantnej, ústavnej, lekárenskej zdravotnej starostlivosti a úrady verejného zdravotníctva, ktoré slúžia ako vedeckovýskumné a vzdelávacie zariadenia na naplnenie poslania univerzity.

Slovenská zdravotnícka univerzita sa hrdí 60 ročnou tradíciou v poskytovaní profesionálneho špecializovaného postgraduálneho vzdelávania v medicínskych odboroch. Výchovu špecialistov v medicíne, stomatológii, farmácii a ďalších zdravotníckych odboroch až do roku 2002 vykonávala štátna neuniverzitná vzdelávacia ustanovizeň, známa pod menom Slovenská postgraduálna akadémia medicíny (SPAM) so sídlom v Bratislave.

Vstupom Slovenskej Republiky do Európskej únie bolo potrebné zosúladiť legislatívu SR so zákonmi EU aj v oblasti medicínskeho vzdelávania. Smernica číslo 93/16/EEC o vzájomnom uznávaní diplomov špecializačného štúdia v medicíne a ďalších regulovaných zdravotníckych odboroch v článku 24 určuje, že takéto štúdium môže poskytovať iba vysoká škola univerzitného typu, ktorej súčasťou je univerzitná nemocnica. Vychádzajúc z tejto požiadavky, Národná rada SR Zákonom číslo 401/2002 zriadila transformáciou SPAM na vysokú školu – Slovenskú zdravotnícku univerzitu v Bratislave. Zároveň sa novelizáciou Zákona NR SR číslo 131/2002 SZU stala integrálnou súčasťou siete slovenských vysokých škôl. Rozhodnutím ministra zdravotníctva zo dňa 28. augusta 2003 bol zrušený Ústav preventívnej a klinickej medicíny, ktorý po začlenení do štruktúry SZU sa stal významným vedeckovýskumným centrom univerzity.

SZU má zriadené štyri fakulty:

• Lekárska fakulta (ďalej len „LF“), zabezpečuje vysokoškolské štúdium medicíny – v študijnom programe všeobecné lekárstvo a je priamym pokračovateľom postgraduálneho špecializačného a kontinuálneho vzdelávania v medicíne a farmácií, ktoré inštitúcia zabezpečuje od roku 1953.
• Fakulta ošetrovateľstva a zdravotníckych odborných štúdií (ďalej len „FOaZOŠ“), poskytuje akreditované vysokoškolské vzdelávanie v bakalárskom, magisterskom a doktorandskom štúdiu v zdravotníckych odboroch ošetrovateľstvo, pôrodná asistencia, fyzioterapia, radiologická technika a urgentná zdravotnícka starostlivosť, fyziologická a klinická výživa, sociálna práca so zameraním na sociálno-zdravotnú starostlivosť o seniorov a zároveň i postgraduálne špecializačné a kontinuálne vzdelávanie pre ostatných zdravotníckych pracovníkov, ktoré pred vznikom SZU zabezpečoval od roku 1960 Ústav pre ďalšie vzdelávanie stredných zdravotníckych pracovníkov.
• Fakulta verejného zdravotníctva (ďalej len „FVZ“), je priamym pokračovateľom Školy verejného zdravotníctva, zriadenej v roku 1991 pod záštitou Svetovej zdravotníckej organizácie WHO ako súčasť SPAM, a ktorá poskytuje bakalárske, magisterské a doktorandské vzdelávanie v akreditovanom študijnom odbore verejné zdravotníctvo ako aj ďalšie vzdelávanie v tomto odbore.
• Fakulta zdravotníctva so sídlom v Banskej Bystrici (ďalej len „FZ v BB“) zabezpečuje vysokoškolské štúdium v študijných programoch ošetrovateľstvo, fyioterapia a urgentná zdravotná starostlivosť ako aj aktivity špecializačného štúdia pre ostatných zdravotníckych pracovníkov.