Vedenie SZU považuje zabezpečenie systému kvality vo svojich laboratóriách za prioritný cieľ pri stále narastajúcich požiadavkách trhu doma aj v zahraničí.
Jednotka zabezpečenia kvality (JZK) vykonáva inšpekcie Centra testovacích laboratórií a neklinických štúdií s cieľom zistiť, či štúdie prebiehajú v súlade so zásadami správnej laboratórnej praxe.
V akreditovaných laboratóriách internými auditmi stanovujezhodu alebo nezhodu prvkov systému kvality so špecifickými požiadavkami príslušných noriem  ISO 17 025 a ISO 15 189.
Pracovnými meradlami vykonáva internú kalibráciu meradiel, čím sa zabezpečuje jednotnosť, správnosť a preukázateľnosť merania v laboratóriách pracujúcich v systéme kvality.
Fungujúce systémy kvality jednoznačne prispeli k zvýšeniu spoľahlivosti výsledkov, k zvýšeniu dôveryhodnosti organizácie pri zapájaní sa do projektov, ako aj k zvýšeniu akceptácie výsledkov pre publikovanie, k získaniu výskumných domácich a medzinárodných projektov a aj  k pedagogickej činnosti.
Jednotka zabezpečenia kvality zabezpečuje vytvorenie a funkčnosť týchto čiastkových systémov, ich vzájomné prepojenie a jednotnú koncepciu.

Vedúca JZK je držiteľkou ocenenia „TOP manažér kvality” za rok 2007.